Cães dessa raça podem apresentar alguns problemas de saúde de procedência genética. As mais comuns são a displasia coxofemoral/ de quadril e problemas gastrointestinais. A Displasia de Quadril consiste em uma alteração na articulação formada pelo fêmur e o osso coxal (da "bacia") que causa desconforto e prejudica a movimentação do cão. Em casos mais graves, podem até impedir que o animal se locomova. Por ser uma condição genética, é importante que exames sejam feitos desde filhote, para que o animal possa receber o tratamento adequado o quanto antes. Esta condição pode surgir, também, devido ao excesso de atividades físicas e pelo tipo de piso da sua casa. Apesar de a raça Rottweiler precisar de atividades físicas diárias e de alta intensidade, elas têm que ser acompanhadas de perto, já que por ser um cão forte e pesado se os exercícios não forem controlados poderá acontecer um excesso de esforço nas articulações do animal, podendo gerar alguns problemas. Outro ponto que merece atenção está relacionado com o sistema gastrointestinal do Rottweiler que é um tanto quanto sensível. A alimentação deve ser equilibrada e de alta qualidade, mas fora isso, algumas doenças podem ser mais graves se acometerem cães dessa raça. É o caso da Parvovirose, um vírus que ataca justamente o sistema gastrointestinal e que em cachorros dessa raça podem vir a se tornar problemas mais graves, como a morte. Alguns médicos veterinários indicam, inclusive, que filhotes de rottweiler recebam mais de três doses da vacina polivalente (V8 ou V10) já que sua predisposição a doenças virais é tão grande.